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1849年 7月 7日、マグデブルグ-ヴィッテンベルグ鉄道会社がマグデブルグ-ヴィッテンベルゲ間を開通させ、シュテンダールの町は初めて鉄道に接続された。 この鉄道は町の東端を通っており、当初は駅が設置されていた。

しかし、1870年頃、シュテンダル-ウェルツェン間とベルリン-レールター駅間の鉄道工事が行われ、3つの路線を乗り換えられるようにするため、駅は街の南端に移された。 マグデブルク・ヴィッテンベルゲ鉄道も新しい駅に接続するために移設され、以来、町を西に迂回するようになった。 現在の駅舎も 1869年から 1871年にかけて建設された。1886年 4月、この駅はシュテンダール・タンガーミュンデ鉄道に接続された。

1892年6月、駅の前庭とウエングリンガー・トーア（Uenglinger Tor）の間に路面電車が開通し、1909年10月には、同じくウエングリンガー・トーアから当時のオストバーンホーフ（Ostbahnhof）へ向かう路面電車が増発された。 両路線とも1926年 10月に廃止され、バスが運行するようになった。

1908年秋にはシュテンダール-アーレンゼー支線に、1914年 5月にはシュテンダル-アーネブルク支線がメートル軌条から標準軌条に改軌された後、シュテンダル-アーレンゼー支線に接続された。 1978年から 1995年にかけて、アーレンゼーまでの路線は徐々に廃止された。 1911年、駅舎の東側に鉄道施設の下を横切るレクサー・トンネルが建設され、そこからホームにもアクセスできるようになった。

第二次世界大戦中、シュテンダール駅とライヒスバーン施設は、連合国軍のクラリオン作戦の一環として 2月 22日と1945年 4月 8日の 2回、米第8航空艦隊による激しい爆撃を受けた。 しかし、2月 22日には、爆撃の大半が隣接するレクセ地区を襲い、約 200人の住民と国防軍兵士の多くが命を落とした。

1977年 1月からは、ボルステル-ニーダーゲルネ新鉄道の列車もこの駅を終点とするようになった。この路線はシュテンダール原子力発電所への接続を目的としていたが、原発は遂に完成することはなかった。 1995年末に旅客輸送が廃止されて以来、この路線は貨物列車のみが利用するようになった。

1984年、シュテンダールはマグデブルクまでの電化によって電気鉄道網に接続された。

1994年から 1998年にかけて、ハノーファー-ベルリン間の高速鉄道がベルリン-レールター鉄道と並行して建設された。 町の意向に反して、シュテンダールの南バイパスも建設され、現在もこの路線を走るほとんどの長距離列車が利用している。 それにもかかわらず、1998年 9月 27日に ICE第 1列車がシュテンダール駅に停車した。

2015年 1月、旅客地下鉄が南側に延伸された。 2016年以降、中央ホームの改修とエレベーターの設置が計画され、駅のバリアフリー化が図られた。 このために総額 500万ユーロが投資される予定であった。しかし着工は 2019年まで延期され、完成は 2021年になる見込みであった。着工は2019年 6月 13日に祝われた。ホームとリフトの工事は 2021年末までにほぼ完了し、残りの工事は 2022年に行われた。

2019年 12月 15日に時刻表が変更された際、同駅は「ハウプトバーンホフ（中央駅）」という名称が与えられた。

2019年、スカンジナビア-地中海 TENコアネットワーク回廊の一部として、デジタルレイル・ドイツの「スターターパッケージ」の一環として、2030年までにシュテンダール地区にデジタル連動機と ETCSを装備することが計画された。