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既に 1235年には、聖マリエンタールはシトー修道会に組み込まれ、ボヘミア地方に配属された。当初はアルツェラ修道院の大修道院長が非常勤の管理者であった。1238年、ヴァーツラフが廷臣の領有を宣言した後、マイセン司教の領地であったプラハ司教が 1245年に教会を奉献している。プラハとの関係が断ち切られ、修道院がバウツェン大聖堂の教区に置かれたのは、1783年のことである。それ以前の 1242年には、王がヤウエルニック村を修道院に譲渡し、ヘルトヴィックス・デ・シュプレヴェンベルクらが保証人となった。

その後、修道院はオストリッツの町と荘園、ローナウの荘園の半分を含む広大な土地を手に入れた。その過程で、ザンクト・マリエンタールは、周辺地域の貴族、特に前述のドーナのブルグラーフからの寄進の恩恵も受けた。1238年にすでに下級裁判所の管轄から解放されていた修道院は、1346年にはボヘミア王ヨハンによって上級裁判所の管轄も与えられた。修道女たちは、その敷地の一部で独自の商売を営んでいた。廷吏は通常その地域の貴族で、経済的な問題や後に法的な問題で修道院を代表した。

1427年のフス派戦争で修道院は破壊された。1452年に修復されるまで、修道院はゲルリッツに所有していた建物で持ちこたえなければならなかった。1515年、1542年、そして特に大きな被害をもたらした 1683年に、再び火災が発生し、大きな被害を受けた。1685年、バロック様式による再建が開始された。1707年、北方戦争により、修道女たちは再びボヘミアに流される。

宗教改革の時代、修道院は多くの修道院の村がプロテスタントになるのを防げなかった。そのため、カトリックの修道院が後援者としてプロテスタントの牧師を任命しなければならず、修道院の吏員までもがプロテスタントという奇妙な事態に陥った。ザンクト・マリエンタールでも「新教理」が共鳴し、16世紀から17世紀にかけて3人の修道院長が退位させられたようだが、世俗的な女子修道院への変貌は防がれた。宗教改革以前の修道院は、ほとんどオーバーラウジッツの貴族で構成されていたが、宗教改革後は平民が中心となっている。修道院長はシレジアやボヘミアから来ることが多かった。宗教改革後は、ノイツェレ（Neuzelle）修道院やボヘミアの修道院（ケーニッヒザール、オセグ）の修道院長が非常勤の監督者を引き継ぐことになった。

1635年の伝統的な手続きと 1831年の憲法により、ザクセン人の支配下においても、修道院の存続と伝統的な権利や自由が確保された。19世紀の初め、ザンクト・マリエンタールは 21の村と他の 4つの地区の荘園領主であり、20世紀になっても周辺の村々で多くの後援権を持っていた。1838年、修道院は孤児院と学校を設立したが、1938年に閉鎖に追い込まれた。マリエンタールからは、ヨゼフイン改革の過程で解散したモラヴィアのポルタ・コエリ修道院が、1901年に再興された。

1897年のザクセン州の「大水害」は、ザンクト・マリエンタールにも壊滅的な影響を与え、特にナイセの洪水は、修道院教会のバロック様式の内部を破壊した。第二次世界大戦では、修道院内に軍事病院が設置された。修道院を去ろうとしないシスターたちのおかげで、戦争末期に SSが建物を爆破することはなかったが、ナイセ橋だけが破壊された。1945年以降、新しい国境線が設定されたため、修道院は現在のポーランド領内の広大な財産を失ったが、土地改革による残りの財産の収用は阻止された。1952年、修道院は、国家社会主義支配者によって剥奪された公団としての地位を取り戻した。

1955年には、障害を持つ女性や少女のための「聖ヨゼフ老人ホーム」を設立した。その後、1979年にシュレーゲルのパーター・コルベ・ホーフ（障害者のための施設）を設立した。

1984年、25,000人の人々と共に修道院は 750周年を迎えたが、それはまだ社会主義的な条件下でのことであった。パータ・コルベ・ホーフが増築・改築された後、1999年には女性や少女たちもそこに移り住み、聖ヨゼフもゲストハウスに改築された。

2010年、ドレスデン・マイセン教区の責任教区、修道院長、ローマの教義総局の承認を得て、修道院は負債負担が大きいため、林業・農地（約800ha、主に森林）の売却を決定しました。この土地は修道院の創設時の寄付金であったため、750年以上にわたって修道院に帰属していた。買い手は、自らも林業を営む複数の貴族が支援する林業専門会社で、1989年以降のドイツの新州ですでに広い面積を取得していた会社である。おそらく、ドイツ民主共和国時代にすでに修道院を支援し、当時シトー会修道院長だったテレサ・ブレンニンクマイヤーが所属していたブレンニンクマイヤー家（繊維小売チェーン C&Aのオーナー）も取引の開始に関与していたと思われる。

1989年以降、修道院の改修に多くの資金と努力が費やされてきたが、2010年8月に発生したナイセ洪水により、数百万ユーロとも言われる壊滅的な被害を受けた。 2018年には、十字架の礼拝堂と聖ミカエル礼拝堂で洪水被害の修復が行われている。

2014年まで、この修道院は 1923年に結成されたボヘミア・シトー会「マリアの純心」修道会（Congregatio Purissimi Cordis B.M.V. ）に所属していた。2013年に解散した、もともとマリエンタール傘下のポルタ・コエリ修道院の財団であったデンマークのシトー会ソストラップ修道院の不祥事による解散後は、シトー会総長の直轄となり、それ以降は同会内のどの修道会にも属さない。

現在
修道院（Konvent）
修道院には 10人のシスターがいる（2021年現在）。エリザベート・ヴァテロットが 2016年から修道院長に就任している。1993年にピア・ヴァルターの後を継いだ前任のレジーナ・ヴォルマンは、2016年1月に75歳に達したため、修道院長を退任した。

ダーレム（アイフェル北部）にあるマリア・フリーデン修道院の 10人のトラピスト修道女は、財政的に維持できなくなったため 2021年に修道院を手放す予定だが、自分たち独自の庇護区域に残りながらもシトー派の修道女たちと礼拝と経済の共同体を実践できる聖マリエンタール修道院に移ることを検討している。マリエンタール修道女会はそのような回廊共同体に前向きだったが、2021年5月、マリア・フリーデンの修道女たちは、ダーレムと同じくアイフェルに位置するカール・シュタインフェルトの旧マリア・ヘイムシュング修道院を引き継ぐことを決定した。

修道院の活動領域
修道院は、シュレーゲルにある74人が入居する「Pater-Kolbe-Hof」（障害者施設）のスポンサーである。関連する障害者のための作業所では、30人の雇用を提供している。国際会議場では、セミナープログラムを提供し、いくつかのゲストハウスに宿泊することができる。

経済的な問題
2010年、ナイセ川が堤防を決壊し、バロック様式の複合施設は大きな被害を受けた。被害額は 2,000万ユーロ以上にのぼり、修復が完了したところで、コロナの大流行により修道院の見学者の業務が一時的に停止し、収入減となった。ザクセン自由州は、観光地でもある修道院に繰り返し財政支援を行ってきたが、修道院によれば、その存続を脅かすほどの資金不足がある。現在 8人いる高齢のシスターたちの老齢積立金は、すでに経費や借入金の返済に充てられていた。 そのため、修道院は 2022年に、13世紀初頭の豊富な図版を持つ『マリエンタール詩篇』を含む、貴重な歴史的原稿や書籍の売却に着手せざるを得なかった。ドレスデン・マイセン教区は、修道院の自治を理由に売却の義務を負わず、さらに資金援助ができる状況でもない。歴史家とザクセン文化省は売却に抗議し、特に詩篇はヨーロッパの名作であるとして反対した。その結果、ザクセン自由州は、主要な資金提供者とともに、売却の危機を回避するための解決策の提案をまとめることができた。