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1531年、宗教改革がグライフスヴァルトにもたらされた。市民たちはシュトラールズントからルター派の牧師ヨハネス・クニプストロを招き、彼は抵抗を受けることなくルターの教えを広めることができた。1561年には、廃墟となっていたフランシスコ会修道院にプロテスタントの新しいグラマースクールが創設された。学長ルーカス・タックのもと、1600年頃には多くの学生を集めるようになった。

三十年戦争により、この街にも苦難と悲惨が訪れた。ペストの流行により人口が激減し、戦争が終わる頃には、街の半分しか人が住んでいない状態だった。1631年6月、グスタフ2世率いるスウェーデン軍が街のすぐ外まで迫り、短い戦いの後、街を占領した。

その後、スウェーデン時代と呼ばれる 184年間の支配が続いた。スウェーデンは 1815年のウィーン会議まで西ポメラニアの支配者であり、したがって、グライフスヴァルトの運命も左右した。1713年と 1736年には市街地の大部分が火災で焼失した。スウェーデン人は、グライフスヴァルト大学のために尽力したことで、今でも親しまれている。三十年戦争の終結後、衰退した大学を再興し、1747年には現在も残る大学本館を建設した。

19世紀

スウェーデン王グスタフ 4世アドルフのクーデターと、スウェーデン・ポメラニアの神聖ローマ帝国からの離脱の後、1806年 6月26日にスウェーデン憲法が導入され、7月4日には農奴制が廃止された。1806年 8月のグライフスヴァルト議会は、主に新しい状況を反映するものであった。

ナポレオン戦争では、1807年から 1810年、および 1812年から 1813年にかけて、フランス軍および同盟軍がこの都市を占領した。1814年 1月のキール条約により、グライフスヴァルトとスウェーデン領ポメラニアはデンマーク領となるはずであったが、ウィーン会議の間に、当時プロイセン領であったラウエンブルク公国がデンマークに割譲されたため、両地域はプロイセン領となった。

プロイセンへの編入は 1815年 10月23日に行われた。プロイセンの行政改革により、1818年にはグライフスヴァルトは同名の地区の行政の中心地となった。1848年の革命の際には、プロイセン憲法に関する討論に参加し、民主派が市議会で多数派を占めた。医師のアクセル・ベンゲルスドルフが民兵を率いた。

1836年にベルリンとシュトラールズントを結ぶ街道がこの町に接続され、1863年に鉄道網が敷設されたことで、かつての農村都市が、ささやかながらも産業を発展させる条件が整った。1870年、他の都市に比べると遅れていたが、独立したユダヤ人コミュニティが設立され、シュトラールズントのコミュニティから分離した。

20世紀と21世紀

世紀の変わり目には、裕福なブルジョワ階級が移り住むために、広々とした新しい通りが作られた。1915年には新しい劇場が開館した。1930年代の世界経済危機は高い失業率を特徴とした。

ナチス時代

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大学生は反ユダヤ主義の中心となり、1933年にはユリウス・リップマンとアルトゥール・クンストマンの名誉上院議員の地位の剥奪を要求した。1933年 4月1日のボイコットは多くの企業に影響を与え、解雇された大学の精神科医のエドムント・フォースターは1933年 9月11日に自らの命を絶った。

1940年 2月12日、グライフスヴァルトに残っていたユダヤ人住民は、ルブリン地区に追放された。これは、フランツ・シュヴェーデ総督が、総督府ポメラニアを「ユダヤ人のいない（judenfrei）」地域として、ドイツ国内で初めて宣言したことによる。

国防軍の大きな駐屯地があったこの都市は、第二次世界大戦中、破壊されることなく生き残った。1945年 4月30日、市長のルドルフ・ペータースハーゲンの指示により、戦闘なしで赤軍に引き渡された。当時の大学学長カール・エンゲル、副市長マックス・オットー・ヴルムバッハ、そして市内の大学病院の院長であり、市の最高医療責任者であったゲルハルト・カッチュが、その交渉に関与した。市長フリードリヒ・リッケルスの逃亡後、副市長ジークフリート・レメルツもまた、戦闘なしでのグライフスヴァルト市のソ連軍への降伏に尽力し、それにより市は深刻な破壊から守られた。彼の勇気ある行動にもかかわらず、彼は 1945年 5月6日に市長のリヒャルト・シュミットとともにソ連占領軍に逮捕され、ノイブランデンブルクの特別収容所第9号ファイフェンハイデに収容され、ほどなくして死亡した。

SBZ/DDR

戦後間もない時期には、多くの避難民が流入したことがこの都市の特徴となった。ドイツに残ったポメラニアの一部の機能は、ポメラニア州教会、州立公文書館、帝国鉄道局の管理業務を含め、シュチェチンからグライフスヴァルトに移された。1945年、ソ連軍占領部隊が鉄道修理工場を再開しました。その後、RAWと数社の合併により KAW（Kraftwagen-Ausbesserungswerk）が設立され、さらに自動車整備工場（KBW）も設立された。

歴史的に価値のある旧市街の建築物の重要な部分の多くは、GDR時代に解体や維持管理の不足により失われた。カール・アウグスト・ペーター・メンツェルによる古典主義建築のシュタインベック門（ブランデンブルク門とも呼ばれる）は 1951年に取り壊された。1990年までに、旧市街北部に新しい（スラブ）建築物が建設されたことにより、歴史的建造物の約半分が失われた。1960年代の終わりには、Bauakademie der DDR（ドイツ民主共和国建築アカデミー）による「適応型プレハブ建築」の研究プロジェクトの一環として、ブリュッグ通りとバッハ通り、アルター・ハーフェンとマルクトの間の市街地の一部の再開発が始まった。市立図書館、船長宅、現葬儀場、市場北側の建物など、一部の歴史的建造物が修復された。1970年代末にこの改修工事が完了した後、さらに北側の旧市街の一部がこのモデルに従って再設計された。

1956年から 1990年にかけて、グライフスヴァルトの南と東に大規模な住宅地であるシェーンヴァルデI / Südstadt（1,496戸）、シェーンヴァルデII（5,250戸）、アルテス・オストゼーヴェルテル（731戸）、オストゼーヴェルテル・パークゼーテ（2,202戸）、オストゼーヴェルテル・リックゼーテ（804戸）が建設された。