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遅くとも 1703年 3月からは、バッハはザクセン・ワイマールの共同摂政のヨハン・エルンストの個人礼拝堂で使用人及びバイオリニストとして雇われていました。1703年 3月 17日のオルガンのリハーサルで、バッハはアルンシュタットの評議会に連絡を取りました。1703年 8月 9日、バッハはさらなるオーディションを受けることなく、アルンシュタットの新教会のオルガニストに任命されました。食費と宿泊費 50フローリンと、30フローリンのという異例の高額な給料で、バッハは正式には新教会のオルガン演奏のみを担当していましたが、後にはリセウムの聖歌隊と一緒に活動することも求められました。

1704年の終わりに、ヨハン・ミヒャエル・バッハの娘である 3人の孤児の（又従姉妹）がアルンシュタットに引っ越して来ました。バッハは、現在市長の家に住んでいる末っ子のマリア・バーバラ・バッハに強い愛情を抱くようになりました。

1705年11月、彼は勉強のためにリューベックに行きましたが、それは「聖マリア教会の有名なオルガニストであるディードリヒ・ブクステフーデンの話を聞くため」であり、おそらく 70歳のオルガニストの後任として聖マリア教会に申請するためでもありました。彼はクリスマスの時期に再びアルンシュタットで演奏できるように 4週間の休暇を与えられていましたが、この休暇は 1706年 1月まで延長された。今回のブクステフーデの旅は、バッハに貴重な音楽的印象を与えてくれました。バッハもの聖マリア有名な古い「死の舞踏」オルガンで演奏していた可能性が高いです。ブクステフーデの夜の音楽、オルガンとピアノの作品、そして無類のオルガン演奏は、若きオルガニストと作曲家に刺激を与えました。バッハの現存する最古のオルガンとピアノの作品は、ブクステフーデの影響を明らかです。Wie schön leuchtet der Morgenstern (BWV 739)のようなコラールの前奏曲や、前奏曲、トッカータ、パルティータ、幻想曲などがあります。

ブクステフーデはバッハを大いに気に入っていました。しかし、彼がポストを継承する条件として、ブクステフーデの長女アンナ・マルグレタと結婚することが挙げられていました。しかし、バッハは 10歳年上のこの女性に惹かれていたわけではなく、この時すでにマリア・バルバラと婚約していたとされています。

入手可能な記録によると、バッハは何度かアルンシュタットの教会会議と対立していたようです。これは、彼の聖歌隊員への振る舞い、休日の長期滞在、オルガンの演奏方法などに関係していました。また、教会では「よそ者の女（マリア・バーバラ・バッハのことか）」と演奏していたこともありました。バッハはミュールハウゼンに移住することで、このような状況の息苦しい狭さから逃れることを望んでいました。