1806年のフランス占領時代、修道院教会はプロイセン兵の収容所として、翌年には小麦粉とパンの倉庫として、1813年には再びフランス兵の収容所として使用された。1816年、修道院の建物は教会を除いて取り壊された。1834年から、カール・フリードリッヒ・シンケルの計画に基づき、フリードリッヒ・ヴィルヘルム 3世の命により修道院教会が改築され、1841年 5月 16日、フリードリッヒ・ヴィルヘルム 4世の立会いのもと献堂された。シンケルは、絵画、入口ドア上部の大きなバラ窓、主祭壇の砂岩パネルの縁取りを担当した。シンケルはまた、南側切妻に高さ 58メートルの木造 3階建ての塔を建てさせたが、老朽化のため 1882年に取り壊された。1905年、王室建築参事官ルートヴィヒ・ディームの計画に従って、印象的な 2つの塔が教会に加えられた。1907年 8月 5日に上棟式が行われ、1908年 6月 9日にヴィルヘルム皇太子臨席のもと公式献堂式が行われた。
1945年5月1日、塔（および聖マリア教区教会）に掲げられた白い旗は、それまでノイルッピンに降伏を命じていたソ連軍の進撃に対して、町の降伏を示すものであった。
1974年から 1978年にかけて、西ドイツのプロテスタント教会からの資金を使って、ドイツ民主共和国の教会堂の建設プロジェクトを可能にする、ドイツ民主共和国の特別な建設計画の助けを借りて、教会は改築された。身廊の一番奥に中二階が設けられ、ガラスの壁で教区の部屋と暖房の効いた冬の教会を仕切った。こうした措置の過程で、ノイルッピンのプロテスタント教区は、聖トリニタティス修道院教会を主要な礼拝所として使用することを決定し、代わりに老朽化した聖マリア教区教会を放棄した。修道院教会は、1977年 11月 27日の待降節にコミュニティ・センターとして聖別された。ノイルッピンの芸術家ギゼラ・ヘイナーは、1958年にすでに聖書をモチーフにしたステンドグラスをデザインしており、これらは建設工事中に一新された。再統一時には、1989年 10月 10日から修道院教会で定期的に平和の祈りが捧げられ、1989年 11月 3日には、新フォーラム・ノイルッピンが教会で最初の全体会議を開いた。1996年、修道院教会周辺のニーメラー広場は、ペーター・ヨーゼフ・レネによる古い設計図に基づいて再設計された。2011年から 2012年にかけて大規模な改修工事が行われた。塔の屋根は葺き替えられ、屋根トラスの腐った部分は交換され、聖歌隊の石組みはリングビームとスチールケーブルで固定された。総工費 1,100,000ユーロを費やしたこの工事は、2012年アドヴェント1日（12月2日）に正式に完了し、お祝いの教会礼拝が行われた。
設備
1400年頃のもので、キリストの生涯の場面が 2列に描かれた砂岩の祭壇画は、やはり中世後期のもので、様式的にはマルコ・ブランデンブルクにおけるボヘミアの影響を示し、ハーヴェルベルクのロッド・スクリーンに帰することができる。キリスト降誕の場面の図像もこの伝統に属するもので、神の母はクッションのベッドに横たわり、助産婦がキリストの子を沐浴させているが、これは聖書には語られていない詳細である。もうひとつの中世後期の彫刻は、傷みが激しい砂岩のレリーフ4枚からなり、祭壇のレアドスの時代のもので、現在は聖歌隊の多角形の中に置かれている。描かれているのは それらは、寄進者とピエタ、磔刑、聖母マリアの戴冠、二人の聖人とキリストを描いている。特に質の高い砂岩製のドミニコ会士の像（しばしばヴィヒマン神父のものとされる、1370/80年頃）と、同じく砂岩製のもう一つのピエタ（1425-1450年頃）。
1460年から 1470年頃に制作された、凱旋門の十字架に描かれたマリアとヨハネの 2体の木像。1490年、オランダの鐘の創始者ゲルハルト・ファン・ウーが鋳造した大きな鐘は、損傷が激しいため、現在はモルゲンレーテ・ローテンクランツのシリング＆ラッターマン鋳造所の鋳鉄製の 3つの鐘に置き換えられている。等身大の十字架（1500年頃）は聖ラザロ病院の礼拝堂にあったもの。聖歌隊席の第二、第三ベイに刻まれた碑文は、修道院教会をリンドウ伯爵家の埋葬地とし、教会堂がノイルッピンの町に譲渡されたこと（1564年）を証明するもので、これも近世のものである。火災で焼失した聖マリアの元の教区教会の一部には、1699年に教区に寄贈された 2枚の絵画があった。これらは改革者フィリップ・メランヒトンとマルティン・ルターを描いたものである。修道院教会にある他の絵画は、市の息子ヴィルヘルム・ゲンツ（「パリサイ人シモンの家での宴」1854年）とその息子イスマエル・ゲンツ（「教会の塔の献堂記念」1908年）によるものである。オルガンの向かいにあるノイルッピンの大工、ヴィルヘルム・フリッツェによる祭壇の背板と木製の説教壇（1842年）の縁取りは、歴史主義の要素である。第二次世界大戦中にドイツ軍の爆撃を受けたコヴェントリー大聖堂の丸天井の釘で作られた十字架も、ノイルッピンの平和と寛容を思い起こさせる。
フォンターネが伝えた伝説
ネズミがネズミを追いかけるという伝説は、宗教改革時代に修道院の教会に描かれた。テオドール・フォンターネはそれについてこう書いている：
「教会の内部は、碑文があるにもかかわらず、天井画を描いた画家が半伝説的な伝統に忠実にヴォールトに描いた 」ネズミとネズミを喜ぶのに十分なほど、まだ裸のままである。しかし、その伝承自体は次のようなものである。1564年にこの教会がルター派の礼拝のために開かれてから数日後、友人であった二人の聖職者（そのうちの一人はまだ修道院に所属していた）が身廊を歩き、その日の問題について議論した。「この教会がルーテル派であり続けるよりも、ここの丸天井の上をネズミがネズミを追いかける方が早い 」とドミニコ会士は叫んだ。ルター派はこれには何も答えず、ただ奇跡が起こっている天井を指さした。私たちの砂地からは、このような伝説はあまり生まれない。（＊この DeepL翻訳、イマイチです（笑））
オルガン
1983年、ザウアー社によって新しいオルガンが設置された。以前のオルガンとは異なり、ギャラリーに設置されたのではなく、聖歌隊席と身廊の接合部にある説教壇の向かい側に設置された。費用は約 20万ドイツマルク。24ストップの 1600本のパイプは、2つのマニュアルとペダルにまたがっている。管楽器システムは、ドイツ西部のカールスルーエにある提携教会区から提供された。新しいオルガンは 1984年 4月 29日に落成した。
このオルガンは、2022年までにツイン・オルガンに拡張される予定である。この機会に、楽器は再構築され、第3のマニュアルが追加される。新しいスウェルは反対側の壁に設置される。さらに、既存のストップの配置が拡張される。さらに、3マニュアルの移動式コンソールが作られ、そこから古い拡張オルガンとスウェルが演奏できるようになる。この目的のため、旧楽器には電気制御装置が装備される。また、この楽器は新しいコンソールからMIDIが使えるようになる。
