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1689年、ラウエンブルク公爵家が断絶すると、メルン市の歴史は波乱に満ちた局面を迎え、同市は様々な領主の支配下に入った：
1689年から1705年まではリューネブルク＝ツェレ公、1705年から1803年まではハノーファー選帝侯（彼は同時にイギリス国王でもあった）、1803年から1813年まではフランス皇帝ナポレオンの支配下にあったため、1810年以降はモルンでは市長の代わりに「メーレ（Maire）」が統治を行った。解放戦争の後、同市は1813年から1815年まで再びハノーファーに属したが、その後14ヶ月間、初めてプロイセンの支配下に入った。これは、ハノーファーが条約に基づき、東フリースラントとの交換条件としてラウエンブルク公国をプロイセンに割譲したためである。しかし、この支配もあくまで過渡的な措置に過ぎなかった。プロイセンがスウェーデン領前ポメラニアとリューゲン島を獲得した大規模な交換取引により、1816年、メールンはスウェーデンを経由してデンマーク王の支配下に入った。同王はホルシュタインとラウエンブルクを個人連合の形で統治していた。デンマークの許可を得てリューベック＝ビュッヒェン鉄道への接続と建設が行われたことで、1851年、この町には新たな発展の機会がもたらされた。1864年、プロイセン・オーストリア連合によるデンマークへの勝利により、この町は両国の共同統治下に入った。1865年8月、オーストリアはガスタイン条約において、1,875,000ターラーの補償金と引き換えに、プロイセン王にこの公国を譲渡した。同公国は1867年、プロイセンのシュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州に編入された。シュテックニッツ運河は19世紀末にエルベ・リューベック運河へと拡張された。1949年以来、メールンはシュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州に属している。

20世紀以降の歴史

1929年から1931年にかけて、かつてのメルンにある下士官予備校は、ソビエト連邦からのドイツ系メノナイト計5,650人の収容所として機能した。その大半はその後、米国やブラジルへと移住した。

ナチス時代

メルンは、ラウエンブルク公国郡におけるNSDAPの拠点であった。1924年には、5月4日に行われた帝国議会選挙において、NSDAPはメールンで24.6％の得票率を記録し、有権者票のほぼ4分の1を獲得した。失業率は、ラッツェブルクやラウエンブルク・アン・デア・エルベといったラウエンブルク公国郡の他の都市と比べて、それほど高くはなかった。とりわけ、第一次世界大戦の余波に苦しむ貧困化した中産階級、すなわち不満を抱えた商人、職人、事業主たちが、「褐色党」に加わったと言われている。しかし、個人もまた、NSDAPの成功に大きな影響を与えた。シュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州の小都市の中で、「オイレンシュピーゲルの街」はこうして際立った地位を占めるようになった。これほど早い段階でNSDAPが27.5％というさらに高い得票率を記録したのは、カッペルンだけだった。その後、メールンはNSDAP郡支部の本部所在地となった。1929年に世界経済危機が勃発すると、NSDAPはさらなる有権者層を獲得した。同郡における1930年の帝国議会選挙での得票率は25.4％に上昇し、最終的には48.9％（1932年）に達した。

1933年に権力掌握を果たしたアドルフ・ヒトラーの後、同調化が進められた。かつてメルンのSPD党首兼市議会議員であったヨハン・ミヒェルは逮捕された。
政治的反対派の多くは、数日から数ヶ月にわたり強制収容所に収容された。これは、NSDAPの外で活動してはならないという、すべての人への明確な警告であった。それと同時に、軍備増強が進められた。

ラウエンブルク地域でも、ユダヤ人が強制移送された。1941年、ナチス政権は同郡から約10世帯をリガへ連行した。彼らは集団銃殺や強制収容所での生活を生き延びることはできなかった。
1933年、陸軍弾薬工場（ムナ）の建設が開始された。この工場は現在のヴァルトシュタットにある213ヘクタールの敷地を占め、一時的に2000人以上が強制労働に動員された。その中には、第二次世界大戦中に多くの東欧からの労働者も含まれていた。郡全域で1万人以上の捕虜が強制労働者として動員され、例えばビューヘンの空軍燃料貯蔵所や、農業、工場などで働かされた。

第二次世界大戦の終結に伴い、旧ドイツ東部地域からの難民や追放者によって人口は大幅に増加した。こうして1945年2月3日、女性と子供600人からなる最初の大規模な難民の行列がメルン市に到着した。その後数日から数週間にわたり、さらなる難民の輸送隊がメルンに到着した。難民たちは当初、民間の宿泊先に分散して収容された。これでは足りなくなったため、集団収容所が設置された。ムナ地区は「ヴァルトシュタット」という住宅地となった。1939年に人口がわずか6300人だったこの町は、1944年にはすでに8900人、1945年にはついに1万3000人を超えた。

メルンが占領される直前に、武装した自警団が、メルンとアルト・メルンを結ぶ運河橋の8名からなる警備隊を襲撃し、進軍してくるイギリス軍を阻止するために設置されていた爆薬を撤去した。その後、自警団はイギリス軍部隊に対し、道が確保されたことを伝えたとされる。ゲーシュタハト＝デーミッツ間のエルベ川区間の司令官であったハイノ・エトケン少将（1894–1987）は、戦後数年を経て、戦いの最終日に故郷の町を戦闘から守ったのは自分だったと主張した。1945年5月2日、イギリス軍が最終的に無血でメルンを占領した際、さまざまな建物に大きな白旗が掲げられていたという。同日、帝国暫定政府は、50キロメートル北に位置するオイティン／プレーン地域から、ラッテンライン・ノルトを経由してミュルヴィーク特別地区へと避難した。1945年5月4日、ドイツ国防軍による北西ドイツ、デンマーク、オランダに対する部分降伏が行われた。

戦後

1949年、主要委員会は、劇作家兼風刺作家であるジョージ・バーナード・ショーをメールン市の名誉市民に任命するという提案について審議することになっていた。しかし、ナチス・ドイツ下でこの称号が濫用されたことを受け、メールン市の条例ではもはや名誉市民の制度は設けられていなかった。そのため、彼は「名誉オイレンシュピーゲル」として称えられることとなった。ショーは1950年、手書きの絵葉書で、名誉オイレンシュピーゲルの称号は受けないが、名誉市民（「honorary citizen」）の称号は受け入れると伝えた。

1960年、受賞作である映画『Frage 7』が、メルン（別名オスターシュタット）で撮影された。

1970年、メルンはクナイプ療養地として認定された。

1992年11月23日、2人のネオナチによって行われた2軒の住宅への放火事件により、トルコ人の子供2人とその祖母が死亡した。この事件を受けて、「共に生きる会（Verein miteinander leben e. V.）」が設立され、同会はメルンの旧市街で国際交流センター・ローゲルベライを運営している。

2009年5月25日、メルンは連邦政府から「多様性の町」の称号を授与された。