19 世紀および 20 世紀初頭の保存
1826年5月15日、教会の南塔が崩壊したため、委託を受けたプロイセンの建築技師カール・フリードリッヒ・シンケルは、13世紀のゴシック様式の装飾壁を完全に壁で覆い隠すことを決めた。この壁は忘れ去られたが、1990年代に修復工事中に再発見された。シンケルは教会の修復を弟子であるエミル・フラミニウスに任せたが、崩壊した南塔は復元されなかった。鉛ガラス窓は、シンケルの設計図に基づいて、フランクフルトのガラス職人バックスマンによって取り外され、修復された。
第二次世界大戦による破壊
第二次世界大戦のため、破壊から保護するため、1941年8月20日から9月3日まで、フランクフルトのガラス職人レーデによって、117枚のステンドグラスが撤去された。それらは、フランクフルトで番号が付けられた木箱に入れられ、最初は聖マリア教会の北塔にあるグライフフェイル家の墓所に、その後、近くの聖マリア教会の牧師館の地下室に保管された。1943年、州立記念物保護局の長官であるシーガー博士の依頼を受け、写真家ロアベックが、迅速かつ緊急の在庫調査として、色付き鉛ガラス窓を白黒で写真撮影して記録した。1945年4月、ポツダム州立記念物保護局の指示により、それらはポツダムにある新宮殿に移送された。
1945年4月にフランクフルトの都心部が破壊されると、聖マリア教会も廃墟となった。何度か緊急の安全対策が講じられたにもかかわらず、さらに一部が崩壊した。1946年には身廊の丸天井と一部の柱が、1949年には聖歌隊席の丸天井が、1966年には北側側廊の丸天井が崩壊した。
戦後の復興
貴重なステンドグラスの窓は、ソ連の芸術保護担当将校の指示により、1945年から1946年にかけて、バベルスベルクの写真家ポステルによって撮影された。1946年6月22日、ドイツ駐留ソ連軍は、ポツダムから戦利品として、これらのステンドグラスを、ベルリン・リヒテンベルクの中央家畜・食肉処理場にある赤軍の戦利品倉庫1に移送した。1946年8月14日、窓は5つの輸送用木箱に収められ、軍用列車176/8042号でベルリンからレニングラード（現在のサンクトペテルブルク）へと運ばれた。輸送中、木箱は4回積み替えられた。1946年8月20日、国立エルミタージュ美術館西ヨーロッパ美術史部門長、ウラジーミル・フランゼヴィッチ・レヴィンソン＝レッシング教授が箱を受け取った。その内容は「102枚のガラス窓と、いくつかの粉々になったガラス窓の破片」と記録された。箱は、エルミタージュ美術館の保管室に移送された。1946年、フランクフルト（オーデル）の教会は、ステンドグラスの所在について調査を行ったが、成果は得られなかった。そのため、ステンドグラスは「終戦以来、行方不明」とみなされた。
東ドイツ時代、聖マリア教会は1958年に自らの資金で聖具室と殉教者聖歌隊席を修復し、祭壇の中央の聖櫃を設置して、その空間を厳かに使用開始した。暖房が限られていたため、礼拝は夏の間のみ可能だった。プロテスタント教会は所有者として、フランクフルト市は利用者として、1974年9月27日に、教会を引き続き利用するための99年間の賃貸契約を締結した。市は、社会的な目的のために廃墟を修復・拡張する義務を引き受けた。1979年、段階的な安全確保と修復が開始された。聖具室は修復され、使用が開始された。
再統一後の再建の継続
1990年、東ドイツが崩壊する数週間前に、フランクフルトで教会支援協会が設立され、教会堂の段階的な、記念碑にふさわしい修復が開始された。そして、ドイツ再統一後も、再建は続けられた。1998年には、聖歌隊席と身廊の上の主な屋根が再建された。高さ21メートルの屋根の骨組みは、20世紀に建設されたものの中で最大の木製の屋根の骨組みである。最後の工事は、北塔の修復と、建設当時の色調のファサードの復元であった。塔で色素が発見されたのは、予想外の驚きであった。
1489年の聖マリア祭壇、14世紀末のブロンズ製の洗礼盤とブロンズ製の燭台、市民から寄贈された多くの墓碑など、かつて聖マリア教会に飾られていた貴重な美術品は、1980年以降、聖ゲルトラウド教会に展示されている。
1991年4月、モスクワのロモノソフ大学所属のロシア人美術史家アレクセイ・レオニドヴィッチ・ラストルグイェフが、ソ連の雑誌Literaturnaya gazetaで、窓の所在について初めて言及した。1994年、フランクフルト（オーデル）の教会評議会がロシアのチェルノムイルディン首相に請願書を提出したことをきっかけに、ドイツは窓の返還を求める取り組みを開始した。2001年6月から10月にかけて、サンクトペテルブルクのエルミタージュ美術館内に特別に設置されたガラス修復工房で、最初の予備調査が行われた。2001年11月から2002年3月にかけて、15点のモチーフが国立エルミタージュ美術館の修復工房で修復された。2002年4月2日から6月まで、15点のモチーフがエルミタージュ美術館の冬宮殿教会で展示された。
この交渉の結果、2002年4月5日、国家院は連邦評議会の同意を得て、2002年夏までに発見された111枚のガラスを返還する法律を可決した。2002年6月23日、サンクトペテルブルクで、ロシア文化大臣ミハイル・エフィモヴィチ・シュヴィドコイが、ドイツ連邦共和国文化大臣ユリアン・ニーダ・リュメリン、フランクフルト市長マルティン・パッツェルト、フランクフルト元市長 ヴォルフガング・ポール、および聖マリア教会支援協会会長ヘルムート・R・ラビッツケ牧師に厳かに引き渡された。2002年6月29日、フランクフルト市民や連邦および州政界関係者多数が参加する中、窓はフランクフルトに到着した。2002年10月28日、22個の輸送用木箱が開けられ、殉教者聖堂に修復作業場が設置された。2002年12月6日、聖マリア教会の聖具室にて、窓の4つのステンドグラスを展示した初のステンドグラス展が開幕した。2005年5月28日、聖マリア教会の聖歌隊席で、修復された最初の窓の除幕式が祝賀会とともに開催された。その後、2005年6月、モスクワの日刊紙コメルサント紙が、残りの6枚の窓がモスクワのプーシキン美術館にあると報じた。長年にわたる交渉を経て、2008年3月、国家議会と連邦院は、残りの6枚の窓の絵を返還する法律を可決した。2008年11月17日、ドイツ文化大臣ベルント・ノイマンは、ドイツ大使館から教会区と市へ、これらの窓の絵を引き渡した。完全に修復された窓は、2009年2月から聖マリア教会で再び見ることができるようになった。
2002年、教会には38,000ユーロの防火システムが設置された。2004年、聖歌隊席のアーチの再構築が完了した。2006年5月、西側入口前の通路が新たに舗装された。この舗装には、土木局の保管庫から歴史的な花崗岩が使用された。さらに、寄付者の名前が刻まれた「寄付石」も設置された。この石は75ユーロで、そのうち25ユーロは製造費、残りは教会の修復費に充てられた。
オルガン
1695年7月14日、マティアス・シュリグによって製作された3つのマニュアルを備えた大オルガンが献堂された。このオルガンは、1705年にダニエル・デッカーによって45ストップに拡張された。このバロック様式のオルガンは、塔の崩壊で破壊され、1834年にカール・アウグスト・ブーフホルツ製の3段鍵盤、54ストップのオルガンに置き換えられた。この楽器は、1922年にフランクフルト・アン・デア・オーデのW. ザウアー社によってわずかに変更され、1945年までその姿を残していた。1922 年、修復工事が実施された。
鐘
マリエン教会の鐘は、もともと 1400 年頃に鋳造された 6 つの鐘で構成されていた。1942年、2つの鐘が戦争目的でハンブルクに移送された。その中には、1426年に鋳造されたマリア、別名中鐘も含まれていた。残りの4つは、その歴史的価値から教会に残された。1371年に鋳造された大きなオサナには、珍しい鐘の刻印が施されていた。1945年4月の教会の破壊で、この鐘は他の3つの鐘とともに失われた。ミドルベルは溶解を免れ、1949年に鐘の返還委員会によってフランクフルトに戻された。2007年にネルトリンゲンの工場で修理された後、マリア教会の西門の前に設置された。支援協会は、歴史的記録に基づいて、2014年にインスブルックのグラスマイヤー鋳造所で3つの鐘を新たに鋳造することも手配した。2つの小さな鐘は、2月7日の最初の鋳造で成功裏に鋳造されたが、5トン以上の重さのあるオザンナの鋳造は、3月14日の2回目の鋳造でようやく成功した。5月3日、4つの鐘は祝賀礼拝の中でその役目を開始し、教会の広場にて鳴らされた。5月に設置された後、6月7日にはペンテコステ（独：Pfingsten）を告げる鐘が鳴らされた。
最後に不足していた時計の鐘も、2022年にインスブルックで製作され、2023年7月初旬にフランクフルトの教会の前に届けられた。製作費は約10万ユーロで、東ドイツ貯蓄銀行財団、スパークアッセ・オーデル・シュプレー、そして多くの個人寄付者によって賄われた。
