1550年にゲオルク・フォン・ブルメンタール司教が死去した後、ザクセン＝ラウエンブルク公フランツ1世は、9歳の息子マグヌスを司教に選出させようと試みたが失敗に終わり、代わりにクリストフ・フォン・デア・シューレンブルクが選出された。これに対し、公は傭兵隊長フォルラート・フォン・マンスフェルトとその部隊を領内に呼び寄せ、彼らは1552年5月23日に大聖堂を略奪した。マンスフェルトは2ヶ月間滞在し、4,000ターラーの支払いを条件に、大聖堂を焼き払うことはしなかった。
1554年、プロテスタントに改宗したクリストフ・フォン・デア・シューレンブルク司教は、10,000ターラーで大司教区をメクレンブルクのクリストフ公に売却した。1566年、ゲオルク・ウスラーが、大聖堂初のプロテスタント説教者として任命された。彼の死後、大聖堂の牧師職は当初、司教区の監督たちによって代行された。その中には、コンラート・シュルケルブルク、ニコラウス・ペトラエウス、ヘクター・ミトビウスらがいた。
ヴェストファーレン条約（1648年）による教区の世俗化以降、教区領と大聖堂敷地は領土的にラッツェブルク公国に属し、1701年以降はメクレンブルク＝シュトレーリッツに編入されたが、ラッツェブルク市自体はザクセン＝ラウエンブルク公国に属していた。メクレンブルク公爵のために、大聖堂のすぐ隣にメクレンブルク公爵の邸宅が建てられた。大聖堂の敷地は、1937年に大ハンブルク法に基づく領土交換により、当時まだプロイセンのシュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州に編入された。
大聖堂とその教区（ベークもこれに含まれる）は、メクレンブルク福音ルーテル州教会の一部であり続けた。しかし、東ドイツの成立後、同教会は行政運営を妨げられたため、1954年に教会法に基づき、ツィーテン教区も包含するラッツェブルク行政管区を設立した。この行政機関は、ラッツェブルクにラウエンブルク州監督によって設置されたが、シュヴェリーン上級教会評議会の監督下にあった。1972年、上級教会評議会は、ハノーファーにあるVELKDのルーテル教会事務局に対し、その権利を行使し、保護・福祉・行政支援措置を講じる権限を付与した。1978年、上級教会評議会はその職務と権限を北エルベ教会に移管した。1980年9月23日、両教会間で協定が締結され、大聖堂教区およびツィーテン教区は、法的地位を変更することなく、北エルベ教会に所属することとなった。
再統一後も、この所属関係とその財政的メリットは維持された。長年にわたる議論の末、1998年にツィーテン教区は教会法上、メクレンブルクから完全に離脱し、北エルベ教会に編入されたが；一方、大聖堂とその教区については、現状維持が維持された。これは、この大聖堂を共通の拠点としていた両州教会の絆と協力の表れと見なされていたからである。大聖堂の「架け橋としての役割」ゆえに、2012年5月27日のペンテコステの日曜日、北ドイツの3つの州教会が北ドイツ福音ルーテル教会に統合されることを記念する祝賀礼拝がここで執り行われた。統合後も、大聖堂は当面の間、いずれの教会管区にも属さないという地位を維持した。北ドイツ教会の教会議会は2016年9月、2017年よりラッツェブルク大聖堂教区をリューベック＝ラウエンブルク教会管区に編入する教会法を可決した。2022年6月26日、ラッツェブルク大聖堂にて、フラウケ・アイベン教区長がキルステン・フェールス司教により解任された。2022年9月4日、ラウエンブルク教区の新教区長であるフィリップ・グラファムが、ラッツェブルク大聖堂にて就任式を行った。
大聖堂および付属建物の維持管理責任を伴う教会後援権は、シュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州が有している；これらの不動産はシュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州建物管理局によって管理されている。
建築
この印象的な建築物は、3身廊からなるロマネスク様式のバシリカであり、連結式構造を採用し、横廊を備えている。北側には、併設されたプレモントレ会修道院（1251年）のゴシック様式の回廊があり、堂々とした西塔がそびえ立つ。大聖堂の西翼は、塔の両側に付け加えられた2つの横廊のような増築部分によって構成されている； 当初、この施設は二重塔として計画されていた。南側には、1220年に建てられた南前庭と呼ばれる、より低い前庭も併設されており、装飾が施されたペディメントを持つオプス・スピカトゥム様式の壮麗なファサードを備えている。こうした様式は、さらに東にあるゾンネンカンプ修道院教会や、ノイブコウおよびシュヴァーンの教区教会にも見られる。
建物の交差部の上には、高い屋根塔がそびえ立っている。
当初のロマネスク様式の建築要素の一部は、ゴシック時代にそれに応じて改変されたため、窓には尖頭アーチが見られることもある（例：塔身）。また、中央身廊のヴォールトもゴシック様式に改築されたが、側身廊へと続くアーケードは、ロマネスク様式の半円アーチのまま残されている。
1693年、デンマーク軍によるラッツェブルク市への砲撃の際、クリスティアン5世王の指揮下で、大聖堂は損傷にとどまったが、ラッツェブルク市は廃墟と化した。伝説によると、当時、降伏の条件とされた賭けに基づき、あるデンマークの大砲兵が、大聖堂の壁に砲弾を極めて正確に撃ち込み、ケゲルスピールのピンの配置を再現したという。最後に中央のピンとして砲弾を撃ち込もうとしたとき、彼は射殺された。大砲の砲弾で構成された「ラッツェブルクのケゲルシュピール」は、南側翼廊の壁面に描かれている。
1893年8月19日、炎上する大聖堂
1876年から1881年にかけて、ゲオルク・ダニエルの指揮の下、大聖堂の大規模な修復が行われ、その際、ラウエンブルク礼拝堂を除くゴシック様式の礼拝堂の増築部分も撤去された。1893年8月19日の雷雨の最中に落雷があり、建物の一部が火災によって破壊された。その後の修復工事は、1899年までゲオルク・ダニエルとフリードリヒ・ヴィルヘルム・J・リックマンによって行われた。最後の大規模な修復（1953年～1966年）では、当初の状態が復元された。
今日、この中世の大聖堂は、シュレスヴィヒ＝ホルシュタイン州で最も古い教会建築の一つとなっている。大聖堂、回廊、修道院の建物からなるこの複合施設は、ヨーロッパにおいて後期ロマネスク様式の建築群として最も完全な形で保存されているものの一つである。
内装
この大聖堂は、豪華な内装を備えている。例えば、北ドイツ最古の聖歌隊席の一部がここに残されている。
また、初期バロックのクノルペル様式で造られたゲブハルト・ユルゲン・ティトゲによる主祭壇（1629年、現在は南側横廊に設置）や、同じく1649年にティトゲが同様式で制作した、アウグスト・フォン・ザクセン＝ラウエンブルク公とその妻、オルデンブルクおよびデルメンホルスト家のカタリナ伯爵夫人の墓碑、 後期ゴシック様式の彫刻が施された翼付き祭壇（翼部分はリューベックのヘルメン・ローデの工房製、約1490年、パネルの裏面はヒンリヒ・ファン・クロゲ（1483年）による彩色）、1576年の壮麗なルネサンス様式の説教壇、そして13世紀の勝利の十字架群像などは、そのほんの一例に過ぎない。
洗礼盤は、1440年にパルダム・フォン・デム・クネーゼベック司教（1440年10月6日没）が寄贈したものである。
南側身廊にあるラウエンブルク礼拝堂には、ザクセン＝ラウエンブルク公ヨハン4世とその夫人の墓、および公爵家の教会用長椅子が安置されている。一般には立ち入れないラウエンブルク公爵家の家墓は、交差部の下にある。また、聖アンスヴェルスの遺骨もラッツェブルク大聖堂に埋葬されている。
回廊の中庭には、1978年以来、エルンスト・バルラッハによる彫刻『物乞い』の複製が置かれている。これは、リューベックの聖カタリナ教会の西翼にある『聖人たちの共同体』のレンガ彫刻の一つである。
オルガン
ラッツェブルク大聖堂のオルガンの歴史は1230年まで遡ることができ、当時、この大聖堂には北ドイツで最も初期の楽器の一つが設置されていた。1563年、オルガン製作者ヤコブ・シェラーが新しい楽器を製作し、1619年にはオルガン製作者アルブレヒト・レヴィンが、計38のレジスターを備えたツバメの巣オルガンを設置した。
19世紀末の大聖堂改修後、オルガン職人フリードリヒ・アルベルト・メメル（シュトラールズント）が西側のギャラリーに大規模な大聖堂用オルガンを設置した。この楽器は、3つのマニュアルとペダルに計41のレジスターを備えていた。1902年、この楽器はオルガン職人バーニム・グリューネベルク（シュテティン）によって改造された； さらに1954年には、オルガン製造会社ケンパー・ウント・ゾン（リューベック）によって再度改修された。1966年には、すでに修復が完了していた大聖堂のために、ケンパー社が新たなオルガンを製作した。
現在、大聖堂には3台のオルガンがあり、いずれも比較的新しいものである。
大聖堂のメインオルガン
大聖堂の西壁の前にあるメインオルガンは、1978年にオルガン製造会社リーガー（フォアアールベルク州）によって、4つのマニュアルとペダル、60のレジスターを備えて製作された。このオルガンには、2つの水平リードレジスター、1つのシンベルシュテルン、およびグロッケンシュピールが備わっている。1994年にはシュヴェルクにカリヨンが追加され、2013年には楽器全体からシメル社製の部品が撤去され、音響面での改修が行われた。大聖堂オルガニストのクリスティアン・スコボフスキーの提案により、その際にオルガンのディスポジションが若干変更された（注を参照）。演奏機構およびレジスタトラクトゥールは機械式である。
